Vào thời Edo, tại quận Fukagawa thuộc Edo cũ (ngày nay là Kyoto). Vì vùng này thường xuyên xảy ra hỏa hoạn và lũ lụt, cư dân ở đây phải thường xuyên thuê các vật như các lọ, futon và quần áo từ các shop thay vì mua chúng, để không bị cản trở khi chạy mỗi khi có chuyện xảy ra.
xoay quanh nhân vật chính Ryuuji, bị em họEriko lôi kéo vào cuộc giải cứu 1 cô gái mắt xanh tên Rose từ phe chợđen. Cô gái này, vốn là 1 con rồng, trở nên quyến luyến với Ryuuji vàtheo cậu khắp mọi nơi, kể cả khi đi tắm hay lúc ngủ, và Ryuuji phải bảo vệ cô với quyền năng của mình.
Ngày nay, con người đã sống trong thời kì hiện đại. Nhưng những tàn tích của những vũ khí cổ xưa vẫn còn. Vũ khí chứa đựng linh hồn thao túng con ý chí con người. Những người bị vũ khí thao túng sẽ được gọi là vật chứa (bosuma), những người chưa bị thao túng nhưng điều khiển được vũ khí được gọi là Kén nhộng.
Vào cuối thế kỉ thứ 19, nước Anh dần dần mở rộng quyền lực và phát triển thần tốc nhờ cuộc Cách mạng công nghiệp. Tuy nhiên, trái với sự thăng hoa của công nghiệp và tốc độ phát triển, đất nước đang bị chi phối bởi những quý tộc chỉ chiếm 3% dân số cả nước, bởi hệ thống phân chia giai cấp lâu đời ở Anh.
Câu chuyện xoay quanh nhân vật chính là Lord El-Melloi II, chính là Waver Velvet trong Fate/Zero đã trưởng thành và là người kế vị của Kayneth, cùng với người học việc của Lord El-Melloi II là Gray. Câu chuyện diễn ra tại Clock Tower – Trụ sở của hiệp hội Pháp Sư tại Anh. Tại đó, Lord El-Melloi II và Gray đã giải được nhiều vụ án bí ẩn của vùng đất phép thuật quanh hiệp hội Pháp Sư.