Chuyển thể từ phần game đầu tiên của dòng game nổi tiếng Ys. Erestia là một hòn đảo - vùng đất giàu có bỗng nhiên bị cô lập trên biển do cơn bão xoáy bí ẩn, cuốn trôi những ai tới gần Esteria. Có tin đồn rằng quái vật, quỷ dữ đã chiếm lấy nơi đó.
Lấy bối cảnh 10 năm sau Nanoha As. Nanoha, Fate và Hayate lúc này đã là những thành viên chủ chốt của Cục quản lý Không gian và Thời gian. Họ đóng vai trò là những người hướng dẫn cho thế hệ pháp sư tiếp theo là Subaru, Tiana, Caro và Erio. Đồng thời, mọi người sẽ phải chiến đấu với kẻ thù từ Project F, chính là chương trình mà mẹ của Fate đã tham gia trước kia.
Asta and Yuno were abandoned together at the same church and have been inseparable since. As children, they promised that they would compete against each other to see who would become the next Emperor Magus. However, as they grew up, some differences between them became plain.
Tại thành phố Nagasaki, câu chuyện diễn ra trong một thế giới nơi một lượng ma thuật nhỏ vẫn còn tồn tại trong cuộc sống hàng ngày. Hitomi Tsukishiro là một hậu duệ 17 tuổi của một gia đình phù thủy lớn lên với những cảm xúc, khi cô mất đi cảm giác về màu sắc từ khi còn rất nhỏ.
Cô be Ichika rất thích các món tráng miệng nhưng do hậu đậu nên không thể làm ra chúng. Một ngày nọ, vô tình Ichika khám phá ra 1 loại bột lấp lánh trong đồ ngọt khiến người ăn cảm thấy hạnh phúc và tràn đầy năng lượng. Từ đây, cuốc chiến bảo vệ đồ ngọt khỏi những kẻ xấu âm mưu mang lại bất hạnh cho thế giời bắt đầu.