Vào thời chiến quốc Nhật Bản, đôi chị em Towa và Setsuna bị chia cắt bởi một cuộc cháy rừng. Trong lúc tìm em gái, Towa bị vô tình du hành tới thế giới hiện đại nơi cô được gia đình của Kagome nuôi dạy.
câu lạc bộ lặn Mizuki (MDC) đang sắp sửa đóng cửa sau khi gặp rắc rối về tài chính. Huấn luyện viên mới của câu lạc bộ thuyết phục công ty mẹ của câu lạc bộ vẫn duy trì điều kiện: câu lạc bộ gửi một trong số các thành viên của mình tới các môn thể thao Olympic vào năm tới như một phần của đội Olympic.
câu chuyện được đặt trong một thế giới mà nhân loại, đuổi ra khỏi đất của mối đe dọa của các loài côn trùng bọc thép huyền diệu, hiện đang sống tại các thành phố nổi trên không. Pháp sư chiến đấu như vậy, trình thuật trên không-người chống lại côn trùng có quyền hạn huyền diệu-ra đời
Takumi Fujiwara là một cậu bé 18 tuổi đi học, Sau giờ học, Cậu làm việc tại một trạm xăng để có được một số tiền, Khi đêm đến,Takumi giúp cha mình bằng cách cung cấp đậu hũ đến bốn giờbuổi sáng, cậu mang đến cho các hàng hoá tới một khách sạn nằm trênđỉnh núi Akina, Ngài thực hiện điều này mỗi ngày từ thứ hai đến thứsáu kể từ khi cậu được 13
Một ngày nọ, Digimon Xros Loader bỗng xuất hiện trước mặt Taiki, là 1 cậu bé có trái tim nhân ái, và nghe được tiếng kêu cứu của Shoutmon. Digimon Xros Loader có thể giúp cho Digimon tràn đầy năng lượng. Và Taiki được chọn làm General. Taiki và bạn mình rơi vào thế giới song song, thế giới số. Tại đó, xuất hiện những tên địch nhằm tiêu diệt Taiki và các bạn. Một cuộc chiến xảy ra, Taiki và Shoutmon với sức mạnh của Digimon Xros Loader chống lại kẻ địch.