Năm 952, phía bắc Trung đại lục, ma vương Crodin và ma tộc tứ thiên vương dẫn đầu ma vương quân phát động tấn công vào Cateran. Trong lúc chiến tranh đang cháy rụi, Chiết Dũng Daofen, một mình, đã đánh bại Tứ Thiên Vương và giết chết Chúa Quỷ Crodin.
Câu chuyện xoay quanh Lloyd, một nhà thám hiểm mới vào nghề với ước mơ khám phá ra sức mạnh thực sự của mình mà cậu từng mơ ước, mặc dù lớn lên cùng những lời châm chọc của hàng xóm luôn coi mình là kẻ yếu kém.
Trong bối cảnh mà các nhà phát triển game lẫn game thủ chỉ quen thuộc với những thể loại kinh điển như chiến thuật (RTS), bắn súng (FPS), game mô phỏng thể thao,... thì Shenmue đã mang đến những định nghĩa và khái niệm mang tính đột phá
Saintia Shou diễn ra xen kẽ với bản gốc chính truyện. Mạch truyện bắt đầu trong khi Thánh Địa đang bị thao túng bởi Gemini Saga, lúc này đang mạo danh Giáo Hoàng truy sát Athena. Song song với 5 Đồng Thánh huyền thoại đang chiến đấu chống lại sự vây quét của Thánh Địa, Saori đã huấn luyện thêm một đội cận vệ nữ của riêng mình, các Saintia (Thánh Vệ).
Được thiết lập vào thời điểm chiến sự, bối cảnh ở Tây Âu. Eleonora Viltaria, một trong 7 Vanadis của Zhcted, dẫn dắt cuộc chiến chinh phục Brune. Có 7 Vanadis được đặt tên như vậy là vị họ nhận được một vũ khí mạnh mẽ từ loài rồng, mỗi người họ nắm giữ một vùng lãnh thổ, họ gieo rắc nỗi sợ cho những quốc gia thù địch.