Câu chuyện xảy ra sau khi các sự kiện của Grisaia no Meikyuu. Kazami Yuuji đã bị giam giữ khi bị nghi ngờ có tham gia vào một tổ chức khủng bố quốc tế, cầm đầu là tên Heath Oslo, đã quản lý để nhập biên giới của Nhật Bản với một vũ khí mới tàn phá hủy diệt hàng loạt trong tay.
Gần một nửa dân cư của Sakurada, một thị trấn nhỏ gần Thái Bình Dương, có một số quyền lực độc nhất. Những quyền hạn này có thể từ tâm trí của một con mèo, để đặt lại thế giới về một thời điểm nhất định trong quá khứ.
Mikan bị bỏ lại một mình, tự biên tự diễn trong cái Hội học sinh sắp tàn Mei, nhút nhát khép mình vì quá khứ thời học tiểu học. Manabi hoạt bát, do công việc gia đình nên chuyển trường liên tục. Tính tình hoạt bát, dễ gần nên vừa chuyển đến trường mới đã được làm Hội trưởng hội học sinh ngay lập tức Vị cứu tinh đã xuất hiện như từ trên trời rơi xuống Nhờ tinh thần ấy.
Câu chuyện kể về Arima Kosei, một thần đồng piano. Nhưng kể từ sau chấn động tâm lí do cái sự qua đời của mẹ cậu, Kosei đã không thể nghe thấy bất kì âm thanh nào. Cứ tưởng là cậu sẽ không bao giờ động vào những phím piano nữa nhưng đó là trước khi cậu đã gặp Miyazono Kawori
Trong những hoạt động ngầm nguy hiểm của thành phố Academy là linh lực gia cấp 5 Accelerator. Anh có thể tiêu diệt bất cứ ai nhờ năng lực của mình, năng lực này cho phép anh tạo ra một trường mỏng của mục tiêu xung quanh anh và chi phối véc tơ của bất cứ thứ gì anh chạm vào. Suốt cuộc đời của Accelerator, anh luôn là đối tượng bị tấn công, do đó, anh mất niềm tin vào con người và chỉ tin vào sức mạnh.