Nhiệm vụ T là một hoạt động tình báo có vai trò cứu thế giới khỏi sự lụi tàn! Nhân vật chính là Negoro Botan, người được đào tạo thành Ninja từ khi còn nhỏ và được nuôi dạy như là đặc vụ tình báo giỏi nhất. Botan hợp tác cùng một đặc vụ tình báo khác, và tiếp nhận nhiệm vụ mang định mệnh toàn cầu.
Đã từ rất lâu, quốc gia này bị vây quanh bởi Đế Quốc Giadian, nơi chế tạo những drone được gọi là Legion. Sau nhiều năm nghiên cứu, Cộng Hòa đã chế tạo thành công những drone tự động, biến trận chiến 1 chiều thành cuộc chiến không thương vong—hoặc ít nhất thì đó là những gì chính quyền tự nhận.
Câu chuyện xảy ra vào thời Edo ở Tokyo vào những năm 1700. Tướng quân đời thứ 8 – Tokugawa Yoshimune đã cho người lập những hòm thư để người dân có thể bày tỏ nỗi lòng của mình. Sau đó ông đã lập nên lực lượng hành pháp Mushibugyou để bảo vệ người dân của mình. Mỗi một thành viên trong tổ chức đều là những người xuất chúng.
Reki, một nam sinh cao trung năm hai yêu thích lướt ván và bị cuốn vào “S”, một cuộc đua trượt ván ngầm và nguy hiểm ở một khu mỏ bỏ hoang không có luật lệ. Ranga, người trở về Nhật Bản từ Canada và chưa bao giờ lướt ván trước đây cũng đã bị cuốn vào cuộc chơi “S” cùng với Reki.
Một hôm Yachi Haruaki nhận được "quà" từ ba mình ở hải ngoại là 1 cái hộp bự tổ bố và rôì đêm đó, cậu đã phát hiện 1 cô gái "trần như nhộng" đang ăn vụng bánh gạo trong bếp nhà mình.