Một phần về Precure mới. Lần này nói về sự tấn công của Byogen , những sinh vật có âm mưu lan truyền bệnh tật cho trái đất. Rabirin , Peguitan và Nyatoran đã hộ tống công chúa khỏi Healing Garden đến trái đất nhằm chữa trị cho nó.
Vào năm 2142, trái đất đang đứng trên bờ vực thảm hoạ diệt vong. Bầu khí quyển ô nhiễm trầm trọng. Lúc này, chính quyền các nước nghiên cứu, tạo ra Ecoban, một thành phố có khả năng "tự sinh trưởng", được xem như một con thuyền Noah thứ hai, giúp nhân loại tránh khỏi cảnh diệt vong. Nguồn thức ăn của Ecoban không gì khác ngoài sự ô nhiễm. Những tưởng mọi chuyện sẽ tốt đẹp nhưng chính sự thối nát của chính quyền Ecoban lại sẵn sàng tạo nên một thảm kịch mới.
The year is 21XX. Reploids are commonplace now, after Dr. Cain rediscovered Dr. Lights old lab and based several designs off of Dr.Lights original, called "Megaman X." X, meanwhile, has joined the Maverick Hunters, and works with unit leader Zero under the command of General Sigma. It is their job to terminate rogue reploids, those who have become violent.
Một thế giới nơi nó đã được thiết lập mà mọi người thường xuyên qua lại giữa các thế giới song song nhưng có một số khác biệt đôi chút.
Vào nửa cuối của thế kỷ 21, con người rời Trái Đất và bắt đầu định cư trên không gian, để thích nghi với môi trường trong không gian và đối phó với những người ngoài hành tinh thù địch trên Sao Mộc