được đặt trong một thế giới song song, diễn ra sau các sự kiện của trò chơi đầu tiên, và phát triển câu chuyện theo sự kiện của ba nhân vật chính - Ryouhei Haizaki, Asuto Inamori, và Yuuma Nosaka.
Câu chuyện xảy ra trong một thời đại mà các thảm hoạ nhiên thường xuyên diễn ra khắp thế giới, khi mà cyborg hay các robot tự động đang dần xuất hiện trên các thị trường của các quốc gia phát triển công nghệ cao, và các cường quốc đấu đá lẫn nhau vì công nghệ và tài nguyên. Khi đó, sự phân biệt giàu nghèo càng trở nên gay gắt hơn. Kẻ giàu thì trở nên kiêu ngạo,còn kẻ nghèo thì càng trở nên khốn khó hơn
Một chiếc khinh khí cầu trôi nhẹ nhàng trên bầu trời. Một thị trấn nơi mỗi người sinh ra đều có một khả năng đặc biệt. Sau nhiều năm từ khi rời khỏi đây, Makoto Okano cùng em gái Hinata trở lại thị trấn Kazune, và gặp lại cô bạn thời thơ ấu Minamo, người đã hứa sẽ lấy cậu khi cả hai lớn lên. Câu chuyện của “Wind, a breath of heart” bắt đầu
có nhân vật chính mới là Light Tenryu và câu chuyện của nó lấy bối cảnh tại trường Cao đẳng Shadovar, một cơ sở đào tạo những người chơi chuyên nghiệp của trò chơi Shadowverse. Tenryu Light, một học sinh chuyển trường, quyết định tham gia "Seventh Flame", một trong bảy câu lạc bộ Shadovar.
3 tháng sau khi Raimon đoạt chức vô địch Holy Road, Tenma trở về trường, và cậu ta đã phải đối mặt với nguy cơ một thế giới không bóng đá, để lấy lại lịch sử và đem bóng đá trở về, Tenma đã phải dấn thân vào một cuộc du hành xuyên thời gian và không gian cùng những người bạn mới và những trận đấu cực kỳ bá đạo.