Phần 3 sẽ là hành trình tìm kiếm ký ức của Makata Jin của nhóm Kaito. Bất ngờ, một cô gái tên là Reatsel cùng hội Master Brain xuất hiện nhằm cản đường họ. Cuộc chiến giữa Kaito và Reatsel diễn ra nhằm tranh giành ký ức của Jin bắt đầu.
Công chúa thứ Iris của tộc Elf, người được chuyển đến một trường học của con người với tư cách là một đại sứ thiện chí cho sự hợp tác giữa con người và bán nhân. Cô là một học sinh danh dự được người nhiều ngưỡng mộ, nhưng để duy trì giống nói thì cô cũng tham gia vào chương trình Hỗ trợ lai giống.
Nhóm năm học sinh cao trung thân thiết với nhau tuy rằng có xuất thân, hoàn cảnh và con người khác nhau. Bỗng một ngày nọ, họ phát hiện ra 1 trong 5 người phải chịu khoản nợ đến 20 triệu yên; và chỉ có tham gia vào "Tomodachi Game" thì mới có thể trả hết nợ.
Vào một mùa đông, khi còn đang học năm thứ 2 ở trường cấp 3, Yuuichi phải nằm viện vì bị viêm gan. Cậu ta suốt ngày bị chị y tá phạt vì tội hay trốn viện ra ngoài. Một ngày kia, cậu vô tình gặp Rika, một cô bạn bằng tuổi ở khu nhà bên cạnh. Cô bé ấy rất xinh xắn và đã hút hồn của Yuuichi ngay tức thì, nhưng đó lại là một cô bé rất ích kỉ. Dù cho có bị Rika sai khiến thế nào đi nữa thì Yuuichi vẫn gắn bó với cô bé ấy. Và rồi khi mà Rika kể cho cậu nghe về bệnh tình của mình thì cậu hiểu ra
Câu chuyện kể về Kotogawa, một tài xế taxi 41 tuổi không có người thân và sống rất khép kín. Những cuộc trò chuyện với các vị khách của mình đã đưa anh ta đến với bí ẩn về một cô gái mất tích.