Được đặt trong bối cảnh giai đoạn cuối của Chiến tranh thế giới 2 ở Nhật Bản, bộ phim kể lại câu chuyện chua xót nhưng cảm động về tình anh em của hai đứa trẻ mồ côi Seita (清太) và em gái của cậu Setsuko (節子). Hai anh em mất mẹ sau cuộc thả bom dữ dội của không quân Mỹ vào thành phố Kobe trong khi cha của hai đứa đang chiến đấu cho Hải quân hoàng gia Nhật
Suzume, một cô gái 17 tuổi sống trong một thị trấn yên tĩnh ở Kyushu, bắt gặp một thanh niên đi du lịch nói với cô rằng "Tôi đang tìm một cánh cửa". Cô theo sau anh ta và phát hiện ra một cánh cửa phong hóa trong đống đổ nát trên núi, như thể đó là thứ duy nhất còn sót lại sau khi sụp đổ
Vào đầu truyện, Ayato Kamina là một sinh viên và nghệ sĩ sống với mẹ của mình ở Tokyo. Hầu hết các tác phẩm nghệ thuật của anh đều có thể thể hiện trong bộ truyện bao gồm các bức vẽ hoặc bức tranh vẽ một cô gái trên vách đá nhìn ra biển.
Anime ngắn Computer Kakumei đã được phát sóng bởi đài truyền hình công cộng Nhật Bản NHK như một phần của chương trình truyền hình đặc biệt. Anime tương lai gần được tác giả Hideaki Sena của Parasite Eve hình thành, và nó mô tả cách các máy tính phổ biến đã biến đổi các khía cạnh khác nhau của cuộc sống vào năm 2020 ở Tokyo.
Sau khi cả 17 Angel đều đã bị tiêu diệt, SEELE đã biết được kế hoạch của chỉ huy Ikari Gendou và quyết định mở một cuộc tổng tấn công chiếm lại các Eva, Adam và Lilith. Với lực lượng quân đội JSSDF và bộ Eva Series gồm 9 Eva trắng, cả trụ sở đều bị tổn hại nặng nề và Unit-02 không thể một mình kháng cự nổi. Cho tới khi Ikari Shinji bước vào buồng lái Eva Unit-01.