kể về chuyện của một trăm năm trước đây, các sa mạc thành phố “Désser City” đã bị hư hỏng nghiêm trọng trong một trận chiến giữa Pokémon.Cuộc chiến đã bắt đầu do một Pokémon cụ thể. Tuy nhiên, các Pokémon bị bịt kín bởi một ai đó, và thành phố đã trở lại được như bình yên hơn bao giờ hết, một nhà nước vẫn còn trong ngày hôm nay.
Cả nhóm bạn muốn bỏ nhà ra đi vì nhiều lý do. Không tìm được chỗ đi trốn, năm người bạn quay về thời tiền sử, tự lập ra một nơi sống riêng ở thời gian 70 nghìn năm trước. Sự kiện này đã vô tình khai sinh ra đất nước Nhật Bản! Cùng lúc đó, một cậu bé tiền sử lạc qua lỗ đen và đến đúng nơi Nôbita đang sống.
Nôbita và Đôrêmon tổ chức một trò chơi đi tìm kho báu trên biển. Hai đứa rủ theo cả Xuka, Chaien và Xêkô. Chẳng may con thuyền của nhóm bị rơi ngược về thế kỉ 14 do rối loạn thời gian. Họ đụng độ ngay một con tàu cướp biển và bất đắc dĩ tham gia một trận chiến trên tàu.
Yuu, học sinh trung học và bạn của anh, Haru, dính líu đến một vụ án liên quan đến người bạn thời thơ ấu của anh, Kotona, buộc họ phải qua lại giữa một thế giới khác, nhưng có phần giống với thế giới của họ, Ni no Kuni.
Tình cờ, Nôbita và Đôrêmon gặp những người bạn ở Hành tinh Tím đang bị nạn qua cửa không gian dưới nền nhà và giúp họ trở về nhà an toàn. Qua những cuộc chuyện trò, cả hai biết được quá khứ của cư dân Hành tinh Tím và bọn người Hành tinh Đen độc ác.