Misumi Makoto vốn chỉ là một học sinh trung học bình thường, giỏi bắn cung và đam mê phim lịch sử. Nhưng rồi một ngày kia khi cậu tỉnh lại, thì bỗng phát hiện ra mình đang ở một nơi kỳ quái không để đâu cho hết! Một thế giới xa lạ, một nơi thậm chí còn không thuộc về Trái Đất?
Sự kiện bắt đầu bằng việc 7 đứa trẻ đi chơi núi nhưng đột nhiên họ bị hút vào 1 thế giới khác . Ở đó họ trở thành “những đứa trẻ của định mệnh” và mỗi nguời đều có 1 con thú Digimon bên mình và cả bọn phải chống lại thế lực tà ác do các Digimon xấu gây nên
Kỷ nguyên Holy Genesis . Năm 0011. Sau thảm họa Great Catatrophe dân số nhân loại đã mất đi 2/3. Lúc này chủng tộc Shadown Angel đã tỉnh giấc sau giấc ngủ dài 12000 năm và tấn công con ngườiĐể chống lại nó con người đã sử dụng sức mạnh của Mechanical Angel AquarionQuyết định số phận của thế giới giờ nằm trong tay của
Rachel (13 tuổi) tỉnh dậy và thấy mình bị mắc kẹt trong tầng hầm của một tòa nhà bỏ hoang. Không còn nhớ gì cả thậm chí là một manh mối, cô lang thang trong tòa nhà, mệt mỏi và chóng mặt. Rồi cô tình cờ gặp một gã quấn khăn khắp mình, tự giới thiệu mình là Zack và cầm một thứ như lưỡi liềm.
Yagyu Jubei là một kiếm sĩ vĩ đại nhất của Nhật Bản. Kiếm thuật của ông là huyền thoại, nhưng một kẻ thù ông ấy không thể chiến thắng là cái chết. Trước khi chết, ông giao tất cả niềm tin cho người kế thừa và người này sẽ nhận được tất cả sức mạnh và kĩ năng của Yagyu Jubei, chỉ với miếng đeo mắt hình trái tim.