câu chuyện diễn ra trên một hòn đảo, nơi một “Hệ thống Fractale” đang bắt đầu sụp đổ. Một ngày nọ, Clain tìm thấy một cô gái bị thương gọi là Phryne dưới một vách đá. Cô biến mất để lại một mặt dây chuyền. Clain đặt ra cho một cuộc hành trình với những cô gái có hình avatar Nessa để tìm Phryne và phát hiện ra bí mật của hệ thống Fractale.
Vào cuối thế kỷ 19, Allen Walker chính thức gia nhập tổ chức Exorcist và bắt đầu đi tiêu diệt các sinh vật được gọi là Akuma; vũ khí cơ khí do Thiên niên kỷ Earl với những linh hồn đau khổ của người chết. Allen có một con mắt bị nguyền rủa và vũ khí chống Akuma, mang sức mạnh của "Innocence", một món quà dành cho anh là một tông đồ của Chúa.
Một cơn gió giống như bệnh dịch thổi qua vùng đất cát khô cằn của Nhật Bản thời hậu tận thế. Khi nó quét qua người sống và người không sống, rỉ sét là tất cả những gì còn sót lại trong quá trình hoạt động của nó. Nguyên nhân của tình trạng thảm khốc của thế giới được cho là do bào tử nấm.
một cậu thanh niên trấn nhỏ Thạch Hoang có được một thanh kiếm Trảm Thần, từ đó gánh vách trách nhiệm cứu với thế gian, nhập học học viện Thiên Bắc, chớ coi thường chí hướng thiếu niên. Thiên Hoang chiến đấu với thế lực thế gia, vượt qua thử thách thiên kiêu, bảo vệ bình an cho đất nước, một mình mạo hiểm đến Thánh Linh Đàm.
được dựa trên các vấn đề liên quan đến vị bác sĩ Maverick rực rỡ tạo ra bởi nhà tiên phong manga Osamu Tezuka. Prequel này sau Black Jack khi anh vẫn còn là một sinh viên y khoa trong năm 1960.