Câu chuyện diễn ra trong tương lai, khi thế giới đang bị những sinh vật làm ô nhiễm “pollutant” đẩy loài người vào một thành phố di động mang tên Regios. Lei-Fon Alseif, một học sinh năm 1 phổ thông, đã miễn cưỡng tham gia vào đơn vị nghiên cứu võ thuật 17 do một sinh viên năm cuối Nina Antouku dẫn đầu chống lại những “Pollutant Beasts”
Lấy bối cảnh một thế giới với sự hiện diện của phép thuật, nợi mà quyền lực được cân bằng bởi Amoria và Ishifen, hòa bình được thiết lập. Nhưng rồi một ngày con rồng Daganzord xuất hiện, tàn phá tất cả mọi thứ. Bario và Kismitete cố gắng phong ấn con rồng nhưng thất bại… Con trai của họ là Hiiro được Giruu cứu thoát…. Sau này người ta gọi đó là thảm họa Balbagoa.
Xoay quanh việc các nhân vật nổi tiếng thời Chiến Quốc từ thế giới song song (nam/nữ đảo ngược) lạc đến thế giới của chúng ta. Các nhân vật này đều có giới tính khác với lịch sử, trông như là các nữ sinh trung học. Họ đã rất bỡ ngỡ với thế giới mới, thời đại mới này, và dần dần trở thành bạn trong cuộc phiêu lưu kì lạ này...
Trong phim, nhân vật chính là Ash Ketchum VK cùng những người bạn của cậu như: Brock, Misty, Tracey, May, Max và Dawn. Và dĩ nhiên, không thể thiếu chú Pokémon điện nhỏ màu vàng Pikachu. Ash vượt qua 5 vùng đất trong vương quốc Pokémon (Kanto, Orange, Johto, Hoenn và Sinnoh) để giành được danh hiệu nhà huấn luyện Pokémon vô địch (Pokémon Master). Cứ mỗi cuộc hành trình vào các vùng đất, cậu lại làm quen với những người bạn mới và thu phục các Pokémon mới.
Vào cái ngày tốt nghiệp trung học, em họ của Itsuki, Mahiru, nói với anh rằng cô đang mang thai. Ngay sau đó, một cánh cửa ánh sáng xuất hiện và mang cả hai vào thế giới của Granvania. Tại vùng đất này, "tạp chất" đã gây ra một sự xáo trộn cho các ngôi sao, cuối cùng lao xuống Granvania tạo nên 1 mớ hỗn độn.