Tiếp nối serie về Digimon Xros Wars, câu chuyện lần này vẫn về Kudou Taiki và các nhân vật mới. Câu chuyện lần này sẽ xoay quanh 1 bí mật ở Thế giới tồn tại giữa thế giới con người và thế giới số, nhân vật chính là Akashi Tagiru
Có một sinh vật tà ác được gọi là Aratama tấn công mọi người, và một nhóm Miko đang diệt trừ những sinh vật đó bằng cách sử dụng kiếm từ thời cổ đại. Những người mặc đồng phục và kiếm được gọi là Toji, người được chính thức gọi là Tokubetsu Saishi Kitoutai (Đội Đặc nhiệm Nghi thức Ritual) trong hiệp hội cảnh sát. Họ chính thức được chấp thuận sử dụng thanh kiếm của các quan chức chính phủ.
Câu chuyện diễn ra tại học viện tư thục Buou -một học viện lớn án ngự dưới chân núi Phú Sỹ linh thiêng do gia tộc Tokugawa lập nên. Học viên của trường đều là con cháu-họ hàng của các gia tộc samurai và được đào tạo -huấn luyện các kỹ năng chiến đấu và tư tưởng Mạc Phủ để phục vụ cho Đại Nhật Bản sau khi tốt nghiệp .
Năm 60 trong thế kỷ tương lai, hầu hết loài người đã bỏ lại trái đất bị ô nhiễm và tiến vào không gian để sinh sống. Để ngăn chặn chiến tranh, các colony đã thống nhất đồng ý tổ chức Đấu Trường Gundam để bầu ra colony đại diện cầm quyền những colony còn lại trong bốn năm tại một thời điểm.
Trong hậu quả hậu khải huyền của một cuộc chiến tranh giữa các máy và người sáng tạo của họ, máy cai trị trong khi con người tồn tại trong tình trạng nô lệ. nhân vật danh nghia Karen dẫn Kháng Tổ 11, một nhóm chiết trung của con người người tự thấy mình chiến đấu cho cuộc sống của họ như họ đang bị săn đuổi bởi các robot trong mỗi tập phim. Đây có phải là kết thúc của nhân loại? Họ chiến đấu một trận chiến mất?