Khi người bạn thân của cô bé nữ sinh trung học Kawashima Minami là Miyata Yuuki phải nhập viện, Minami tuyên bố cô sẽ thay Yuuki đảm nhận vai trò quản lý đội bóng chày. Hùng hổ là thế nhưng có một vấn đề hơi nhỏ đó là cô chẳng biết tí ti gì về bóng chày lẫn cách quản lý câu lạc bộ
về cuộc sống đời thường của Sáu cậu sinh viên trường trung và hành trình tán gái của họ. Six high school students life around the convenient store on their way from the school, talking about their life and meeting each of the girls they end up liking.
Câu chuyện của Stein Gate diễn ra ở Akihabara, câu chuyện kể về một nhóm bạn cố gắng biến cái lò vi sóng của họ thành một bộ máy gửi được tin nhắn về quá khứ. Trong lúc họ thực hiện các thí nghiệm khác nhau, thì họ bị một tổ chức mang tên là SERN cũng đang nghiên cứu lãnh vực du hành vượt thời gian theo dõi. Khi đó, các nhân vật của chúng ta phải cố gắng trốn thoát khỏi nanh vuốt của tổ chức đó. Thế rồi câu chuyện bắt đầu.
Hana Ichinose là một nữ sinh 16 tuổi bình thường. Nhưng có điều khác thường là: Cô đi học muộn một năm! Bạn học của cô đều biết thế, và Hana luôn cố gắng hết mình để theo kịp những người khác.
Khi Yumi Fukuzawa vào Học viện Nữ sinh Lillian, một trường Công giáo toàn nữ có uy tín ở Tokyo, cô chưa bao giờ tưởng tượng mình sẽ lọt vào mắt xanh của Sachiko Ogasawara xinh đẹp và cá tính, một trong những học sinh nổi tiếng nhất của trường.