Giờ là năm 2577, con tàu có người lái đầu tiên đã đáp xuống Sao Hỏa với 6 phi hành gia được đưa đến để làm nhiệm vụ. Nhưng tất cả những gì họ thấy được là Những con Gián đột biến hình người với sức mạnh kinh hồn. Họ đã bị giết sạch, tuy nhiên, họ đã gửi được tín hiệu về Trái Đất. Giờ đây, con người đã đưa các chiến binh ưu tú nhất để diệt gọn đám bọ đột biến và giành lại Sao Hỏa.
Sau khi các nhà khoa học và học giả dự báo về thảm họa toàn cầu: một thiên thạch sẽ đâm vào Trái Đất trong tương lai gần, chính phủ các nước đã tổ chức họp kín để đề ra các kế sách ngăn ngừa mối hiểm họa này. Một trong số đó là dự án "7SEEDS". "7SEEDS" được thành lập nhằm lưu giữ và duy trì con người phòng trường hợp cả nhân loại bị tuyệt diệt sau cú va chạm giữa thiên thạch và Trái Đất
Masaru, học sinh năm hai của một trường trung học. Là một chiến binh đường phố bất khả chiến bại nhưng đang học ý nghĩa " làm việc theo nhóm". Sau khi trốn khỏi DATs, một tổ chức chuyên bắt Digimon gây rối. Agumon đã có một trận đánh với Masaru. Ngay lúc đó Yoshino cùng Lalamon đã đến chụp cỗ Agumon, và Masaru và Agumon đã trốn thoát. Ngay lúc đó có một Digimon tà ác xuất hiện và họ đã đánh bại nó bằng sự tiến hóa. Sau đó Masaru đã gia nhập DATs để ngăn cản Digimon đến Trái Đất. Cùng với sự
Năm 2089, 89 năm kể từ chiến tranh vũ trụ thứ nhất, đã thay đổi cuộc sống của hai chủng tộc con người và Zentradi. Cả hai chủng tộc hiện đang chung sống hòa bình trên Trái Đất thì bỗng nhiên một chủng tộc mới xuất hiện trên hệ Mặt Trời tên là Marduk. Giữa chiến trường của Lực lương không gian Liên Hợp Quốc với hạm đội Marduk, phóng viên tập sự Hibiki đã phát hiện ra Ishtar
Sau khi thế giới Digimon có được hòa bình nhờ vào sự giúp đỡ của 8 đứa trẻ đến từ thế giới loài người. Nhưng Tứ Linh lúc này vẫn còn bị kẹt trong phong ấn của Dark Master do Apocalymon tạo ra và để có thể được giải thoát