Shiraishi Tomio tốt nghiệp một trường đại học danh giá và đang làm việc cho một công ty an ninh của nước ngoài. Anh có một hôn thê xinh đẹp, Aoike Kozue, và hoàn toàn không có điều gì phàn nàn về cuộc đời mình. Một ngày nọ, cha Shiraishi tự sát, để lại một khoản nợ lớn cho anh. Shiraishi nên dốc hết tiền dành dụm để trả, nhưng vẫn không đủ và bị chủ nợ truy đuổi.
Không lâu sau khi Onizuka rời khỏi học viện Meishuu thì học viện Meishuu đã sát nhập lại với trường cấp 3 phía tây Shounan. 3 tháng sau, để tạo nên 1 luồng gió mới cho những học sinh bướng bỉnh nơi đây, Onizuka 1 lần nữa đã được mời trở lại trường với tư cách là trọ giảng. 1 năm học mới bắt đầu cùng với học sinh mới, thử thách mới. Liệu Onizuka sẽ làm gì để cảm hóa học sinh của mình.
Học sinh gương mẫu Azusa mất tích đã 2 tuần, không rõ tung tích. Mẹ bạn ấy lo lắng cho con gái và nhờ cảnh sát giúp đỡ. Họ tới trường học hỏi chuyện các bạn học của Azusa để tìm kiếm manh mối. Ryoko, bạn cùng lớp với Azusa, cũng đã tự mình triển khai điều tra, hòng mong tìm ra sự thật đằng sau việc mất tích của Azusa.
Cốt truyện của Watashitachi wa Douka Shiteiru miêu tả về tình yêu, cuộc sống và nghề làm bánh truyền thống Wagashi. Kogetsu-an, một tiệm bánh cổ lâu đời là nơi nữ chính Nao (Hamabe Minami) cùng người mẹ của mình sinh sống trong những ngày thơ ấu.
Tsugami Shouichi, một người đàn ông bị mất trí nhớ, không biết mình là ai, đến từ đâu. Cũng không rõ vì lí do gì, Shouichi có khả năng biến hình thành Agito - một chiến binh với sức mạnh phi thường, chiến đấu mỗi khi Unknown xuất hiện. Anh làm quen với Hikawa Makoto (Kamen Rider G3) & Ashihara Ryou (Kamen Rider Gills) và cùng họ chiến đấu. Các bí ẩn về thân thế của anh lẫn sự tồn tại của Agito lần lượt được hé mở sau từng tập phim.