Vào năm 2043, Infinite Dendrogram – game thực tế ảo online thành công đầu tiên trên thế giới – đã được ra mắt. Bên cạnh khả năng mô phỏng 5 giác quan một cách hoàn hảo, cùng với những tính năng đặc sắc, game hứa hẹn sẽ mang lại cho người chơi một thế giới với những khả năng bất tận.
Ngày xửa ngày xưa, một kẻ thù không xác định, Unknown, bất ngờ xuất hiện. “Cơ quan phát triển đường sắt siêu tiến hóa” đã phát triển “Shinkalion”, một robot biến hình thành tàu cao tốc, như một biện pháp đối phó với mối đe dọa này.
Câu chuyện của light novel tập trung vào phi đội số 666 vào năm 1983, 18 năm trước các sự kiện trong series light novel Muv-Luv Alternative: Total Eclipse. Cả hai đều là phần phụ truyện của visual novel Muv-Luv Alternative do hãng Age phát hành vào năm 2006.
Trong tương lai không xa, loài người sẽ phải đối mặt với sự hủy diệt từ những sinh vật khổng lồ bí ẩn. Chúng được gọi là "Huge". Toàn bộ thế giới đã hợp nhất với nhau chống lại Huge và phát triển một thứ vũ khí mới được gọi là "CHARM" (Counter Huge Arms).
Một cánh cổng từ 1 thế giới khác xuất hiện và tiếp theo sau đó là 1 cuộc xâm lăng của người ngoài hành tinh gồm những sinh vật bất khả chiến bại bước ra từ các cánh cổng . Phe bảo vệ trái đất là 1 tổ chức mang tên Border gồm các chiến binh bí ẩn sử dụng Trigger - 1 loại vũ khí của các sinh vật ngoài hành tinh để chiến đấu !!