Cuộc sống của Ayato Kamina, chàng sinh viên họa sĩ 17 tuổi, bỗng nhiên gián đoạn bởi một kẻ theo dõi bí ẩn. Những chiến đấu cơ xâm nhập thành phố và một cỗ máy lạ xuất hiện. Một cuộc hành trình nội tâm đi tìm chính mình, khám phá những bí ẩn xung quanh cô gái huyền bí Reika Mishima, sự thật về sự tồn tại của MU cũng chiến binh thiên thần RahXephon.
Câu chuyện lấy bối cảnh ở một thế giới hỗn loạn sau "Cuộc Chiến Cuối Cùng" của nhân loại. Một khu rừng vĩ đại, đầy rẫy những sinh vật rực rỡ và những con thú hoang dã khác đã bao phủ cả hành tinh. Do một loại vũ khí đặc biệt được sử dụng trong "Cuộc Chiến Cuối Cùng", cơ thể con người sẽ tự phát nổ ngay cả khi đến gần một ngọn lửa rất nhỏ
Kirito tỉnh dậy trong một khu rừng rộng lớn, hoang sơ đầy những cây cao chót vót. Trong cuộc tìm kiếm manh mối về sự thật xung quanh, anh gặp một cậu bé có vẻ quen biết anh.
Chakuro là nhà lưu trữ cá voi bùn qua 14 năm, một hòn đảo cực kỳ phi lý trôi nổi trên mặt biển cát vô tận. Chín trong số mười cư dân cá voi bùn đã được ban phước và bị nguyền rủa với khả năng sử dụng saimia, quyền hạn đặc biệt làm họ phải chết sớm.
vào năm 2013, đại dịch zombie bùng phát khiến cả thế giới chìm trong bóng tối, buộc nhân loại phải chiến đấu cho sự sống còn trên quy mô lớn. Các nhân vật chính đã vượt qua bóng tối để nhìn thấy ánh bình minh đầu tiên. Vậy vào thời khắc tận thế ập đến, họ đã phải chọn con đường nào?