Trong một ngôi làng nhỏ dưới lòng đất, nơi mà các thông đạo và đường hầm ở khắp mọi nơi. Ngay cả với không gian sống chật hẹp và tối tăm như vậy, người dân ở đây vẫn sống rất vui vẻ. Patema, cô công chúa nhỏ của ngôi làng dưới lòng đất có sở thích khám phá các đường hầm. Nơi ưa thích của cô là "vùng nguy hiểm" nơi đã có lệnh cấm vào (dù chẳng ai biết tại sao).
Câu chuyện về Rune Balot tiếp tục trong movie thứ hai của bộ ba phim Mardock Scramble. Kể từ movie thứ nhất được phát hành năm 2010, movie thứ hai này trở lại và lợi hại hơn với hình ảnh đẹp hơn và tiết lộ nhiều hơn so với phần trước. Bắt đầu là Rune và người đồng hành đáng tin cậy Oeufcoque bị Boiled – nhân vật phản diện – dồn vào chân tường.
Câu chuyện xoay quanh nhân vật chính là Lord El-Melloi II, chính là Waver Velvet trong Fate/Zero đã trưởng thành và là người kế vị của Kayneth, cùng với người học việc của Lord El-Melloi II là Gray. Câu chuyện diễn ra tại Clock Tower
Sau sự kiện của Dead Space, tập đoàn C.E.C đã mất liên lạc với tàu USG Ishimura và căn cứ trên hành tinh Aegis VII. Không lâu sau đó, tàu USG O’Bannon được cử đi để điều tra tình hình, nhưng mọi chuyện đã không diễn ra một cách suông sẻ khi họ tìm thấy mảnh vỡ của Red Marker trên bề mặt của hành tinh đã bị tàn phá này.
Năm 2077, thế giới hiện đại với các công cụ, máy móc hoạt động tinh xảo nhưng lại tiềm tàng một mối đe dọa to lớn với loài người khi Nhật Bản cho phát triển công nghệ người máy sinh học. Đó là điều mà Liên Hợp Quốc cấm. Một nhóm đặc nhiệm tức tốc được cử đến Nhật Bản, thâm nhập điều tra sự việc và họ đã bất ngờ khám phá ra rằng, Nhật Bản giờ chỉ là 1 hòn đảo đầy hoang mạc.