Câu chuyện kể về chuyến hành trình hướng tới ước mơ của Satoshi và Pikachu. Những đồng đội đã từng du hành trước kia như Kasumi và Takeshi, cũng như các Pokémon mà Satoshi đã từng thu phục và hình thành mối liên kết sâu đậm khắp các vùng cũng sẽ xuất hiện.
Câu chuyện kể về một thế giới nơi đột nhiên lục địa mới tên là Magmell đột nhiên xuất hiện trong đại dương. Một kỷ nguyên khai phá mới được mở ra. Các nhà thám hiểm đã đến hòn đảo này để tìm ra các dạng sống và tài nguyên chưa được biết tới trước đó và bộ truyện sẽ kể về chàng trai trẻ tuổi kiếm sống bằng nghề cứu trợ và giúp đỡ các nhà thám hiểm này
Anh đến từ châu Phi và chiến đấu sát cánh lãnh chúa phong kiến hùng mạnh trong thế kỷ 16 đầy bạo tàn ở Nhật Bản. Họ gọi anh là Samurai đen và anh trở thành huyền thoại.
Saintia Shou diễn ra xen kẽ với bản gốc chính truyện. Mạch truyện bắt đầu trong khi Thánh Địa đang bị thao túng bởi Gemini Saga, lúc này đang mạo danh Giáo Hoàng truy sát Athena. Song song với 5 Đồng Thánh huyền thoại đang chiến đấu chống lại sự vây quét của Thánh Địa, Saori đã huấn luyện thêm một đội cận vệ nữ của riêng mình, các Saintia (Thánh Vệ).
Câu chuyện xảy ra vào 20 năm đầu của Thiếu Niên Ca Hành, khi đó Bách Lý Đông Quân vẫn còn là một độc tôn được nhận vô vàng sủng ái của Trấn Tây Hầu phủ. Tuy hắn có phụ thân võ công tuyệt thế và mẫu thân gia chủ Ôn gia, nhưng lại không thích tập võ, chỉ yêu thích chưng cất rượu