Ngay sau khi Vua Wicked đổ vỡ, Nữ hoàng Vườn ánh sáng đã mất trí nhớ và đến Trái Đất dưới hình thức một cô bé 12 tuổi tên là Hikari Kujou. Bây giờ, với sự trợ giúp của Nagisa và Honoka, với sự trợ giúp của Nagisa và Honoka, phải tìm ra 12 Heartiels, giữ chìa khoá để khôi phục lại những kỷ niệm đã mất của Nữ hoàng. Với nhau một lần nữa, chúng là Pretty Cure.
Câu chuyện xoay quanh Maria, nữ pháp sư quyền lực nhất tại thời điểm đang xảy ra “Cuộc chiến xuyên thế kỉ” giữa Anh và Pháp. Coi thường chiến tranh, nên cô đã quyết định dùng ma thuật tối thượng của mình để… phá đám. Sự can thiệp của Maria cùng với 2 tùy tùng của cô (Succubus Artemis và Incubus Priapos) làm cho Thiên Đàng để ý.
Kururu, Chiriri, Sarara và Hororo là 4 nhóc tiên tý hon sống trong 4 chiếc lọ trên bàn của Sensei-san. Họ cùng nhau tìm hiểu về thế giới con người với mong muốn được trở thành một trong số đó nói chúng xem rồi sẽ biết
Đây chính là một câu chuyện giả tưởng tập trung vào Keyar, một y sĩ chữa bệnh cho các đồng đội thám hiểm đi cùng và những y sĩ thì không thể nào tự mình có thể chiến đấu. Tuy nhiên, khi anh ta đạt được pháp lực cuối cùng và “chữa lành” vết thương thế giới. Anh đã quay trở về 4 năm trước để làm lại cuộc đời.
Shana và Alastor, tiếp tục chiến đấu với những Guze no Tomogara, những kẻ đang muốn chiếm lấy Sức Mạnh Của Sự Tồn Tại từ con người. Trong trận chiến cuối cùng, Yuji đã bộc lộ là một mystes, một torch với Sức Mạnh Của Sự Tồn Tại vô hạn. Khi mà Tomogara muốn bắt Yuji và dùng cậu ta để phá vỡ sự cân bằng của thế giới, Shana quyết định bảo vệ Yuji. Sau đó Yuji đã thề chiến đấu cùng với Shana.Season 2 này tiếp tục của season 1.