Hikaru Shidou, Umi Ryuuzaki, và Fuu Hououji là những người lạ mặt mang về số phận khi họ gặp nhau trong một chuyến đi thực tế bình thường đến tháp Tokyo. Cùng với ánh sáng lóe sáng, họ nghe thấy lời kêu gọi của một người phụ nữ bí ẩn cứu Cephiro,
Câu chuyện kể về Akira Ouno – Một anh chàng bình thường làm việc tại một công ty game online. Anh cũng thường chơi game và nhân vật của anh ta là Maou (Ma Vương). Một ngày nọ, khi anh đăng nhập vào game, đột nhiên anh bị lôi vào thế giới giả tưởng ấy, và biến thành nhân vật của chính mình.
Takumi, một đầu bếp tài năng, vừa bị cho thôi việc. Anh ấy nhận được hợp đồng biểu diễn tại một khu nhà trọ cũ tên là Astro-sou nhưng do dự chấp nhận sau khi biết mình cũng phải sống ở đó toàn thời gian.
Taichi Keaton - một nhà khảo cổ, giảng viên, nhân viên bảo hiểm và còn là... (hồi sau sẽ rõ ) Công việc chính: Khám phá và giải quyết các vấn đề liên quan tới việc gian lận bảo hiểm.
N: Là chàng trai có thể nghe được giọng nói của pokemon, đi xuyên suốt vùng Isshu để tìm ra câu trả lời cho mối quan hệ giữa Pokemon và Con người. Anh ta gọi Pokemon là những người bạn. Ghetsis Harmonia: Thủ lĩnh đội tổ chức tà ác Plasma, âm mưu thâu tóm vùng Isshu, đang tìm kiếm N. Achroma: Nhà khoa học của đội Plasma, đang tiến hành cuộc thí nghiệm trên Pokemon để hoàn thành chiếc máy kiểm soát pokemon Đội Hỏa Tiễn: Tổ chức xấu xa với tham vọng xâm chiếm thế giới.Ở vùng Isshu thì họ đã tái