Câu chuyện xoay quanh Arslan, hoàng tử của đế quốc Pars, cai trị bởi vị vua tàn bạo Andragoras. Sau khi cha mình bị một kẻ thân cận phản bội, vương quốc đã bị nước láng giềng Lusitania chiếm đóng.
Những ai sở hữu được Shinrabanshou sẽ là Vua của Nabari, là người sẽ lập nên luật lệ mới cho Nabari. Cũng vì lẽ đó, cậu bé Rokujo Miharu rơi vào cảnh bị săn đuổi. Có người muốn lợi dụng Shinrabanshou trong người cậu, có người lại muốn bảo vệ cậu khỏi những kẻ săn đuổi và cả chính tri thức nguy hiểm đó. Đến với Nabari no Ou, bạn sẽ cảm nhận thế giới của ninja được ẩn sau sự tĩnh lặng của thế giới bình thường.
Câu chuyện kể về chuyến hành trình hướng tới ước mơ của Satoshi và Pikachu. Những đồng đội đã từng du hành trước kia như Kasumi và Takeshi, cũng như các Pokémon mà Satoshi đã từng thu phục và hình thành mối liên kết sâu đậm khắp các vùng cũng sẽ xuất hiện.
Chuyện kể về Elk, thợ săn tiền thưởng trong một số thế giới cực kỳ hiện đại ,kỳ lạ.
Thế giới được chia thành hai phe: con người và quái vật gọi là katawara. Mặc dù là một katawara, Tama yêu thương con người và tuyên thệ bảo vệ họ khỏi ác, ngay cả khi đó có nghĩa là phải chiến đấu với loài của mình.