Touru Soma là thành viên của Steppen Wolf, 1 nhóm hacker. Nhóm này quyết định sẽ làm một cuộc tấn công hack lần nữa bằng cách xâm nhập vào FLAK, một tổ chức quân đội lớn lập ra bởi United Nation để chống lại khủng bố mạng. Tuy nhiên, họ bị phát hiện, và Yuya chết, lãnh đạo của Steppen Wolf và bạn của Touru bị bắt.
Câu chuyện diễn ra ở thời điểm năm 2020, khi nhân loại đối mặt với đại dịch Coro... À khoan! Nhầm rồi. Câu chuyện diễn ra ở tương lai năm 2030, con người phải đối mặt với một đại nạn virus tên Gibia (tên gọi của lớp Côn trùng)
Sau khi các nhà khoa học và học giả dự báo về thảm họa toàn cầu: một thiên thạch sẽ đâm vào Trái Đất trong tương lai gần, chính phủ các nước đã tổ chức họp kín để đề ra các kế sách ngăn ngừa mối hiểm họa này. Một trong số đó là dự án "7SEEDS".
Ở phần này Satoshi,Iris và Dento lại tiếp tục chuyến đi của họ tới vùng Isshu để tham gia giải đấu.Trong chuyến phiêu họ của họ đã đụng độ Nhóm Rocket vẫn như cũ Giovanni sẽ lại tiếp tục kế hoạch đánh cắp các Pokemon huyền thoại Meloetta. Hikari và Shirona cùng những vị khách mới sẽ xuất hiện.
Hành tinh Endless Illusion huyền bí nằm đâu đó trong vũ trụ, là thiên đường cho bọn cướp, là địa ngục với những người tốt. Trên hành tinh đó, Van - người sở hữu một trong những Armor mạnh nhất - đang trên đường đi tìm kẻ thù của mình