Câu chuyện kể về chuyến hành trình hướng tới ước mơ của Satoshi và Pikachu. Những đồng đội đã từng du hành trước kia như Kasumi và Takeshi, cũng như các Pokémon mà Satoshi đã từng thu phục và hình thành mối liên kết sâu đậm khắp các vùng cũng sẽ xuất hiện.
Sau trận chiến với Doakuder tại Soukaizan (“khác” thế giới mà các cầu vồng đã biến mất vì các quỷ dữ), một thế giới quỷ ma quỷ đến Genseikai (thế giới của con người) và đã ăn cắp lương tâm của Wataru. Do đó, trái tim của Wataru của công lý và những kỷ niệm của mình là Kyuuseishu (đấng cứu thế giới) đã biến mất.
Cậu bé Takato Matsuda đã vô tình tạo ra 1 Digimon tên Guilmon sau khi quét 1 tấm bluecard bí ẩn vào thiết bị quét bài cầm tay sau đó thiết bị tự biến đổi thành D-Arc, một phiên bản của Digivice. Mọi chuyện bắt đầu khi các con thú từ thể giới ảo xâp nhập vào thế giới thực, khi đó Takato nhận ra rằng Digimon là có thật và không phải chỉ có mình cậu đang sở hữu một Digimon. Cùng với hai người đồng đội Ruki Matsuno và Lee Jenrya, Takato bắt đầu chuyến phiêu lưu tìm hiểu nguồn gốc của sự việc, đồng
Life hasnt been fair to Koyomi Morishita. Even though shes in high school, shes so short that everyone assumes shes still in grade school. The boys and girls in her school tease her mercilessly, and shes not exactly graceful either. On the other hand, shes still better off than Yumiko, who has a magician trying to kill her. Or at least Koyomi was until their paths crossed!
câu chuyện lấy bối cảnh ở một thị trấn ven biển của Moriah,khi mà bọn tội phạm đang lộng hành,chúng lợi dụng một nơi thờ tự một vật cổ đại để làm nơi ẩn nấu,hoạt động phạm tội ngày một dày đặc và gây hoang mang trong lòng những người dân nơi đây.