This series is set about two months after the events ocurred in the Tuatha de Danaan at the end of the original series. Mithril becomes aware of a secret organization that has technology able to counter the ECS (Electronic Cloaking System) mode
Fate Stay Night nói về câu chuyện "Cuộc Chiến Dành Chén Thánh" của các "Servant" và chỉ có các "Servant" mới có thể chạm vào Chén Thánh, Các "Servant" là những vị anh hùng trong truyền thuyết và được triệu hồi từ 7 "Master", họ tranh dành vì Chén Thánh, vì Chén Thánh sẽ biến điều ước của họ thành sự thật.
Nhóm Takuya đanh trên chuyến hành trình của mình thì bị lạc đến Đảo Lang Thang. Khi Takuya, Tomoki, Junpei,, Bokomon và Neamon tỉnh lại thì gặp được Kotemon. Ngay lúc đó, các Digimon tộc thú được lãnh đạo bởi Hippogriffomon đến tấn công tộc người do Darrcmon lãnh đạo.
Tại Hokkaido, vùng đất phương Bắc của Nhật, Sugimoto đã sống sót qua chiến tranh Nga-Nhật thời Meiji. Được mệnh danh là "Sugimoto Bất Khả Chiến Bại" trong thời chiến, anh giờ tìm kiếm sự giàu để có thể cứu được người vợ của bằng hữu trong chiến tranh-người giờ đã chết.
Anh chàng Hajime Nagumo 17 tuổi là một otaku bình thường như bao người otaku khác. Cuộc sống của cậu chỉ đơn thuần là thức nguyên đêm cày game và lên trường để ngủ. Thế nhưng cuộc sống ấy ngay lập tức bị đảo lộn hoàn toàn khi cậu và toàn bộ bạn cùng lớp của mình bị triệu hồi đến một thế giới kỳ ảo.