Nối tiếp Ss1, lần này Illya và Miyu có nhiệm vụ phải bình thường hóa "Sự rung động của Trái đất". Nhưng mệt mỏi thay khi xuất hiện trước mắt hai người lại là một Illya khác!?
Fairilu là nàng tiên của hoa, côn trùng, nàng tiên cá, hoặc các thực thể khác được sinh ra từ "Hạt Farilu". Tất cả Fairilu được sinh ra với chìa khóa riêng của họ, và họ phải tìm kiếm để tìm và mở cánh cửa chỉ phù hợp với chìa khóa của họ. Khi Fairilu đi qua cánh cửa, họ trưởng thành. Các cánh cửa cũng liên quan đến thế giới con người.
Mirai là một cô gái 13 tuổi đang sống trong từ con người. Một ngày cô chứng kiến một đối tượng rơi bí ẩn từ trên bầu trời vào công viên. Hào hứng, cô mang con gấu nhồi bông của mình Mofurun với cô ấy để xem nó là cái gì. Khi cô ấy có cô thấy một cô gái tên là Riko bay trên một cây chổi. Riko là cùng tuổi và từ thế giới huyền diệu.
Cốt truyện xoay quanh cậu học sinh Aono Tsukune học kém, thi trượt cấp III. Bỗng nhiên một ngày đẹp trời bố cậu "may mắn" nhặt được một lá đơn nhập học và cậu đã đến học tại Học viện Youkai. Thật không may đây lại là trường học dành cho yêu quái. Ngay ngày đầu đến trường Tsukune đã gặp và có cảm tình với một cô gái xinh đẹp tên là Moka - một nữ Vampire. Cuộc đời và số phận Tsukune chuyển qua một bước ngoặt mới. Thay vì tìm cách thoát khỏi ngôi trường đáng sợ, Tsukune quyết định ở lại theo học
Muốn đạt được thứ gì phải đưa ra một thứ gì khác có giá trị tương đương Đó là quy tắc cơ bản nhất mà mọi nhà giả kim đều ghi nhớ và thấu hiểu. Thế nhưng, Edward Elric và Alphonse Elric đã bỏ qua quy luật ấy, cố gắng dùng thuật giả kim đưa người mẹ đã chết trở về với trần gian. Hậu quả, Ed mất đi chân trái, Al mất toàn bộ cơ thể, vì vậy Ed chịu hi sinh thêm cánh tay phải để trao đổi lấy linh hồn Alphonse và gắn nó vào một bộ áo giáp