Trong cốt truyện gốc của game, một idol ảo sử dụng những bài hát mà người dùng nhập vào đã có được nhận thức qua sự ảnh hưởng của cảm xúc và sự bất mãn với hiện thực của người dùng. Mong muốn cứu lấy loài người - cô tin rằng họ luôn đau khổ - cô sử dụng những bài hát để dụ mọi người vào thế giới ảo có tên là Mobius
Matsuri là một người thuộc dòng dõi chuyên diệt trừ các ayakashi. Cậu có một cô bạn thanh mai trúc mã là Suzu. Cô gái này là một “ayakashi miko”, người có nguồn năng lượng sự sống mạnh mẽ giúp tăng cường sức mạnh tâm linh cho yêu ma.
Hai năm sau ngày diễn ra sự cố, Aiko Tachibana – 15 tuổi – người đã mất gia đình trong sự kiện “Burst” đã khám phá được những điều bí ẩn từ bạn học cùng lớp mới của cô Yuya Kanzaki. Bí ẩn đó nằm sâu trong thể cô và để giải quyết được vấn đề của cô cần phải thâm nhập vào “Lõi Chính” – trung tâm của Burst.
Một ngày nọ, Yamano Mitsuha rơi xuống vách đá và bị dịch chuyển đến một thế giới khác với trình độ văn minh ngang tầm của châu âu thời trung cổ. Tuy nhiên, Mitsuha biết rằng mình có thể du hành giữa hai thế giới thông qua trận chiến chết người với bầy sói và cô quyết định sống bằng cách đó
30 năm sau UC 0153, giờ đây là thời điểm cuộc chiến giữa Liên Bang Trái Đất và Crossbone Vanguard. Phe Liên Bang đang dần yếu thế trước dã tâm xâm lược Trái Đất của Đế chế Zanscare. Chỉ có tổ chức League Militaire đứng lên tham chiến bằng vũ khí bí mật của họ, Victory Gundam.