Câu chuyện kể về chuyến hành trình hướng tới ước mơ của Satoshi và Pikachu. Những đồng đội đã từng du hành trước kia như Kasumi và Takeshi, cũng như các Pokémon mà Satoshi đã từng thu phục và hình thành mối liên kết sâu đậm khắp các vùng cũng sẽ xuất hiện.
Yatterman để kỷ niệm lần thứ 40 của Tatsunoko Time Bokan loạt. Một cô gái đang nhìn vào một hòn đảo xa xôi trên biển mang tên The Yatter Kingdom, một quốc gia được cho là được cai trị bởi người anh hùng Yatterman. cô gái muốn hỏi Yattermans giúp đỡ để chữa bệnh cho người mẹ bị bệnh của mình và quyết định liên doanh với các vương quốc.
Hoshimiya Eiji là một cậu bé trung học sống nội tâm,mong muốn thế giới bị hủy diệt. Mong muốn của cậu ta cũng trùng hợp với một loạt các thảm họa quy mô lớn mà đột nhiên quét qua toàn bộ hành tinh, dẫn đến cái chết thảm của hàng triệu người. Đồng thời, những người đặc biệt ở tất cả các nơi trên thế giới đều thực hiện mong muốn đó của cậu ta, và đã được cấp quyền hạn dựa trên Orders và Eiji là một trong số chúng. Eiji tự nhiên đi đến kết luận rằng cậu chịu trách nhiệm cho việc tiêu hủy.
Sau khi trạm chán với đội Plasma ; 3 người Satoshi, Iris, Dent bắt đầu cuộc hành trình mới tại quần đảo Dekorora N: Là chàng trai có thể nghe được giọng nói của pokemon, đi xuyên suốt vùng Isshu để tìm ra câu trả lời cho mối quan hệ giữa Pokemon và Con người. Anh ta gọi Pokemon là những người bạn. Ghetsis Harmonia: Thủ lĩnh đội tổ chức tà ác Plasma, âm mưu thâu tóm vùng Isshu, đang tìm kiếm N.
Một tên NEET 34 tuổi đã bị đuổi khỏi nhà sau cái chết của gia đình hắn. Hắn ngăn chặn một nhóm người thiếu niên ra khỏi một chiếc xe tải đang chạy và đã đẩy một người trong nhóm người đó ra thành công trước khi hắn chết.