Sau khi chiến đấu trong cuộc chiến tranh giữa các vì sao, nhân loại hình thành Liên minh Galactic để mang lại sự ổn định và ngăn chặn xung đột giữa các hành tinh khác nhau. Tuy nhiên, tranh chấp giữa các thành viên của liên minh vẫn nổ ra. Tổ chức Galactic được thành lập để mang lại trật tự cho liên minh
Vài năm sau khi chiến tranh thế giới thứ III, hay còn gọi là Cuộc Phân chia thứ III, một tổ chức tội phạm được gọi là Vischio đã nắm được quyền điều khiển của thành phố hoang tàn Toshima (trước đây là Tokyo), nơi mà họ tổ chức cuộc đấu tên là “Igura”. Nam nhân vật chính Akira bị buộc tội oan, sau khi bị bắt đã có một người phụ nữ bí ẩn đưa ra đề nghị sẽ trả cho cậu tự do, nếu cậu đồng ý tham gia Igura và đánh bại kẻ mạnh nhất: Il-re.
Cuộc sống của Ayato Kamina, chàng sinh viên họa sĩ 17 tuổi, bỗng nhiên gián đoạn bởi một kẻ theo dõi bí ẩn. Những chiến đấu cơ xâm nhập thành phố và một cỗ máy lạ xuất hiện. Một cuộc hành trình nội tâm đi tìm chính mình, khám phá những bí ẩn xung quanh cô gái huyền bí Reika Mishima, sự thật về sự tồn tại của MU cũng chiến binh thiên thần RahXephon.
Một nhóm huyền thoại của game MMORPG Union. Họ là những người bạn chơi với nhau từ thời tiểu học. Họ đã vượt qua rất nhiều thử thách cũng như giới hạn của game nhờ khả năng vô song của mình trong hệ thống Sense – cốt lõi của game. Tuy nhiên, một tai nạn nghiêm trọng đã xảy ra, hậu quả là 1 người chơi đã bỏ mạng, game phải tạm dừng, cả nhóm mỗi người 1 nơi.
Usato Ken là một học sinh cấp ba bình thường theo tất cả các nghĩa: Điểm số bình thường, giấc mơ bình thường và có xu hướng ghét những người phi thường. Tuy nhiên, khi gặp hội trưởng và hội phó hội học sinh đều là cả hai người phi thường, cậu lập tức kết bạn với họ. Thế rồi bỗng nhiên, hai người bạn mới này bị triệu tập đến thế giới khác, và Ken tình cờ bị cuốn theo.