Tiếp nối chuỗi sự kiện trong quá khứ, Jin và các đồng đội đều mất trí nhớ. Thức dậy sau một giấc mơ kỳ lạ, con quay của Jin tiến hóa thành một con quay NADO quyền năng. Sau đó cậu tìm lại được ba người bạn của minh, lúc này cũng đang nắm giữ trong tay những con quay NADO hùng mạnh.
Cốt truyện xảy ra vào 10 năm sau của Yu-Gi-Oh phần đầu. Lúc này Yugi Muto đã trở thành một tượng đài bất diệt trong làng bài ma thuật. Nhân vật chính của series là Yuki Judai, một thiếu niên đam mê bài ma thuật quyết tâm trở thành Vua đấu bài. Cậu tham dự kỳ thi tuyển vào học viện đào tạo bài thủ Duel Academy và được xếp vào nhà Osiris Red.
Các Pillars bất ngờ xuất hiện trên Trái đất, gây ra mối đe dọa cho tất cả các dạng sống. Hết cách để tự bảo vệ mình, nhân loại đang đứng trên bờ vực diệt vong, nhưng một vị thần tên là Odin đã cho họ một con đường để cứu rỗi.
Trong phim Subaru Natsuki là một học sinh Trung học bình thường, cậu bị triệu hồi đến một thế giới khác và được cứu bởi một cô gái xinh đẹp. Cậu quyết định ở lại trả ơn cho cô ấy, nhưng không đơn giản như vẻ ngoài của nó. Hai người bị kẻ thù tấn công và họ đã chết. Nhưng chính lúc này cậu lại phát hiện ra khả năng đặc biệt của mình là quay ngược thời gian, tạm gọi là “ Hối Sinh “ về thời điểm mà cậu bắt đầu đến thế giới này nhưng chỉ có một mình cậu nhớ những gì đã xảy ra
Hanako-kun ma quái và trợ lý phàm trần của anh ta, Nene Yashiro, thường nhúng tay vào giải quyết các sự cố siêu nhiên khác nhau ở Học viện Kamome, nhưng họ dành thời gian như thế nào khi được nghỉ ngơi sau tất cả những điều đó?