Câu chuyện diễn ra nửa năm sau khi sự kiện Wars Divine kết thúc, chính quyền liên minh Trái Đất phải đối mặt với phiến quân Divine Crusaders và chủng tộc ngoài hành tinh Aerogators. Khi cuộc đấu tranh vẫn tiếp tục chống lại tàn dư của phiến quân Divine Crusader, một mối đe dọa mới từ chủng tộc ngoài hành tinh đến gần.
Learning to ride and tame dragons comes easy to most students at Ansarivan Dragonar Academy—except for first-year student Ash Blake, who is known by his fellow classmates as the "number one problem child." Poor Ash is the laughing stock at school because, despite his unfashionably large star-shaped brand that marks him as a future dragon master, he has nothing to show for it. His dragon has never appeared.
Vào ngày sinh nhật lần thứ 16 của mình, Himari Momochi nhận được một lá thư thông báo rằng cô đã thừa kế một biệt thự có tên là "Ngôi nhà Momochi". Sau khi được nuôi dưỡng tại cô nhi viện, ngôi nhà này là thứ duy nhất còn lại của gia đình thực sự của cô, vì vậy Himari không để ý đến những tin đồn rằng nó có thể bị ma ám
Kunisaki Yukito, một khách lữ hành trẻ tuổi rong ruổi trên một chuyến hành trình dài từ đời này sang đời khác gặp gỡ ba người con gái kỳ lạ tại một thị trấn nhỏ ven biển, phải chăng một trong ba người chính là cô gái có cánh mà anh hằng tìm kiếm bấy lâu?
Yuta Hibiki tỉnh dậy với chứng mất trí nhớ và khả năng nhìn thấy những thứ mà người khác không thể thấy. Lần đầu tiên anh gặp một Gridman trong máy tính của bạn mình Rikka Takarada và nó nói với anh ta để "Nhớ cuộc gọi của mình," nhưng Yuta không hiểu điều này có nghĩa là gì.