Tại thành phố Judoh, Claire Leonelli được thừa kế quyền lãnh đạo nhóm Mafia "Vampire" sau cái chết của cha mình. Để giữ cho Claire và các hoạt động tội phạm khác trong tầm kiểm soát, Cục An toàn Đô thị của thành phố có đặc nhiệm Daisuke Aurora của Bộ phận Dịch vụ Đặc biệt và siêu android có mật danh "J"
Câu chuyện lấy bối cảnh ở một thế giới hỗn loạn sau "Cuộc Chiến Cuối Cùng" của nhân loại. Một khu rừng vĩ đại, đầy rẫy những sinh vật rực rỡ và những con thú hoang dã khác đã bao phủ cả hành tinh
Theo truyền thuyết trong thời kỳ cổ đại xa xưa - khoảng 2000 năm trước Công Nguyên - khi loài người còn hoang sơ man dại, có một chủng tộc người ba mắt không biết xuất hiện từ đâu trên trái đất. Nền văn minh của họ thật rực rỡ, đạt được những thành tự khoa học kỹ thuật đáng kinh ngạc, thậm chí những phát minh của họ được người thời nay xem là huyền thoại. Bỗng, một ngày nọ, chủng tộc người ba mắt đột ngột biến mất, cũng kỳ lạ như khi họ xuất hiện. Chỉ còn để lại một số di tích đến tận ngày nay.
bắt đầu bằng việc Sheryl Nome một cô ca sĩ nổi tiếng trong vũ trụ tới Macross Frontier biểu diễn. Ranka Lee một cô bé hoạt bát rất hay cười và có một giọng hát kì diệu nhưng lại không bao giờ hát cho người khác nghe và cô bé không nhớ gì về thời thơ ấu của mình rất hâm mộ Sheryl.
Dựa trên Light Novel cùng tên, Sora và Shiro một ngày nọ được triệu hồi đến một thế giới khác bởi một thằng nhóc tự xưng là "Thánh", một thế giới mà bất hoà và tranh chấp đều được giải quyết qua game, cuộc chiến của các gamer bắt đầu từ đây.