Nhóm Takuya đanh trên chuyến hành trình của mình thì bị lạc đến Đảo Lang Thang. Khi Takuya, Tomoki, Junpei,, Bokomon và Neamon tỉnh lại thì gặp được Kotemon. Ngay lúc đó, các Digimon tộc thú được lãnh đạo bởi Hippogriffomon đến tấn công tộc người do Darrcmon lãnh đạo.
Một cơn gió giống như bệnh dịch thổi qua vùng đất cát khô cằn của Nhật Bản thời hậu tận thế. Khi nó quét qua người sống và người không sống, rỉ sét là tất cả những gì còn sót lại trong quá trình hoạt động của nó. Nguyên nhân của tình trạng thảm khốc của thế giới được cho là do bào tử nấm.
Vào một ngày định mệnh, toàn thể nhân loại đã bị hoá thành đá bởi một tia sáng kì lạ. Nhiều thiên niên kỷ trôi qua, cậu học sinh trung học Taiju đã thức tỉnh, đập vỡ lớp đá kia và bước ra khỏi thế giới bên ngoài. Trước mắt cậu là hàng loạt những pho tượng đá của nhiều người. Tuy nhiên, cậu không một mình
This series is set about two months after the events ocurred in the Tuatha de Danaan at the end of the original series. Mithril becomes aware of a secret organization that has technology able to counter the ECS (Electronic Cloaking System) mode
kể về cô gái chạy trốn Ellis, một cô gái trẻ bị nghi ngờ giết chết một nhà vật lý nổi tiếng Heinrich Schneider, đang chạy trốn khỏi một xã hội bí mật được gọi “Hunters” khi cô được theo dõi bởi các thợ săn bounty Nadie trong một thị trấn nhỏ ở Mexico