Phần chính của cốt truyện diễn ra tại một trường trung học ở Nhật Bản. Nhân vật Kyousuke từng nhận xét rằng "thế giới này có một bí mật", Kengo và Masato cũng để ý đến điều đó. Các nhân vật sống trong một ký túc xá nam và nữ được xây tiếp giáp với khuôn viên trường.
Câu truyện xoay quanh Nanase Haruka, một chàng trai luôn thích được ngâm mình và bơi trong dòng nước. Trước khi học hết Tiểu Học, anh tham gia một giải bơi cùng những người bạn trong CLB bơi của mình, Tachibana Makoto, Hazuki Nagisa, và Matsuoka Rin. Sau khi đoạt giải, mỗi người bọn họ chọn một ngả đường riêng.
Yukino Miyazawa là đại diện nữ cho lớp học của cô và là cô gái nổi tiếng nhất trong số các sinh viên năm nhất tại trường trung học của cô. Giỏi cả học thuật và thể thao trên đỉnh cao là thanh lịch và hòa đồng, cô đã là một đối tượng của sự ngưỡng mộ trong suốt cuộc đời mình
Makabe Masamune lúc nhỏ chỉ là một con heo vô dụng yếu đuối, nhưng từ khi tỏ tình thất bại với Adagaki, tuyệt vọng khi bị chế nhạo nên Makabe quyết tâm nỗ lực rèn luyện mình và vạch ra một kế hoạch hoàn hảo để trả thù Adagaki. Tám năm sau, cậu đã trở thành một anh chàng đẹp trai, thân hình đầy đặn với thành tích xuất sắc đậu vào trường của Adagaki đang học. Liệu cậu có thể trả thù hay không? Cùng nhau theo dõi câu chuyện nào
kể về thế giới Shuffle, thiết lập mười năm trong tương lai. Gods, Demons, và con người tự do thăm các thế giới khác như đi du lịch ở nước ngoài, và sự lãng mạn trong không khí. Demons, vị thần, và con người với nhau đã rơi vào tình yêu và tạo ra những gia đình mới, phá vỡ các bức tường một khi tách chúng