Câu chuyện của tiểu thuyết tập trung vào Koguma, một nữ sinh trung học ở Yamanashi. Cô không có cha mẹ, bạn bè hoặc sở thích. Cuộc sống hàng ngày của cô khá trống rỗng. Một ngày nọ, Koguma có được một chiếc xe máy Honda Super Cub đã qua sử dụng.
Nhiệm vụ T là một hoạt động tình báo có vai trò cứu thế giới khỏi sự lụi tàn! Nhân vật chính là Negoro Botan, người được đào tạo thành Ninja từ khi còn nhỏ và được nuôi dạy như là đặc vụ tình báo giỏi nhất. Botan hợp tác cùng một đặc vụ tình báo khác, và tiếp nhận nhiệm vụ mang định mệnh toàn cầu.
Rean Schwarzer, một giáo sư tại Học viện quân sự Thors ở Đế chế Erebonian. Câu chuyện của anime sẽ tập trung vào phần phía tây của lục địa Zemurian có trong trò chơi
Năm 1939, Neuroi, một vật thể không xác định tấn công vào trái đất. Để chống lại Neuroi một loại vũ khí đã được đặc chế có tên là Strike Unit và một lực lượng có tên Strike Witches là những người mang trong mình sứ mệnh bảo vệ trái đất.
Thời là thời đại Mạc Phủ. Nơi là không còn là Kinh Đô (Kyoto), mà là Edo. Một câu chuyện xoay quanh cuộc đời và sự nghiệp chiến đấu của các thành viên trực thuộc Tân Đảng-Tân Tuyển Đảng (Shinsengumi). Với chữ “Thành” thêu trên cờ xí, những kiếm sỹ Tân Đảng coi cái chết nhẹ tựa lông hồng, mục tiêu của họ chính là bảo vệ trị an của một thời đại sắp sửa lụi tàn nhường bước cho Minh Trị thời đại. Một cô bé tên Yukimura Chizuru trên con đường tìm kiếm cha mình đã lạc vào Tân Đảng và cùng chiến đấu