Dựa theo tựa game cùng tên. Câu chuyện lấy bối cảnh vào năm 2115 khi mà Nhật Bản bị chia cắt thành 2 thế giới song song với nhau. “Ranh giới vô pháp S” và “Khu hành chính Tây phương số 17″. Cả 2 phe đấu tranh cả ngày lẫn đêm để giành được vị trí “Duy nhất” trong tương lai và cho chính sự tồn tại của họ.
Hai năm sau ngày diễn ra sự cố, Aiko Tachibana – 15 tuổi – người đã mất gia đình trong sự kiện “Burst” đã khám phá được những điều bí ẩn từ bạn học cùng lớp mới của cô Yuya Kanzaki. Bí ẩn đó nằm sâu trong thể cô và để giải quyết được vấn đề của cô cần phải thâm nhập vào “Lõi Chính” – trung tâm của Burst.
Hai đặc vụ bí mật Éclair và Lumière của Encounter of Shadow-work (ES) đã từng tham gia vào cuộc chiến để quyết định số phận của nhân loại trong dải ngân hà. Họ giành chiến thắng và hòa bình được lập lại. Giờ đây, sau một vài năm, dải ngân hà một lần nữa lại đứng trước bờ vực của sự hỗn độn. Cuộc chiến này sẽ có sự xuất hiện của hai người anh hùng mới: Ascoeur và Q-feuille
bắt đầu bằng việc Sheryl Nome một cô ca sĩ nổi tiếng trong vũ trụ tới Macross Frontier biểu diễn. Ranka Lee một cô bé hoạt bát rất hay cười và có một giọng hát kì diệu nhưng lại không bao giờ hát cho người khác nghe và cô bé không nhớ gì về thời thơ ấu của mình rất hâm mộ Sheryl.
Đảm nhận vai trò của một thành viên chủ chốt của Rhodes Island, một công ty dược phẩm chống lại cả căn bệnh nhiễm trùng chết người và tình trạng bất ổn mà nó để lại sau khi xảy ra.