Hai năm đã trôi qua kể từ ngày bác sĩ phẫu thuật Jin Minakata bị cuốn vào dòng xoáy của thời gian trở về với thời đại Edo. Lúc này, một căn bệnh hiểm nghèo đang hoành hành toàn nước Nhật.
Trong số mười một Thế Giới Mạng (Braneworld), trong đó thế giới của chúng ta được gọi là Thế Giới Loài Người (Human World), tồn tại một thế giới khác được gọi là Thế Giới Máy (Machine World). Đây là nơi ở của các Engines, một chủng tộc sinh vật mang hình dáng của các phương tiện đi lại, và cũng là nơi chúng chiến đấu chống lại thế lực của Gaiark, kẻ muốn gây ô nhiễm cho thế giới này. Sau khi thất bại
Yasuko và Kenji là 2 anh em. Ông anh Kenji thuộc băng nhóm đua xe "Đầu lâu" thời thanh niên tươi trẻ. Rồi cha mẹ bị tai nạn xe đột ngột qua đời. Kenji vì muốn chăm sóc em gái lúc đó mới học tiểu học nên đã rời khỏi băng nhóm, bắt đầu tìm kiếm việc làm.
Koyurugi Sota đem lòng yêu cô gái khóa trên, Takahashi Saeko. Bằng tình yêu đơn phương của mình dành cho cô ấy, anh đã sang Paris để học về nghệ thuật làm chocolate, vì cô ấy yêu chocolate. Sau khi trở về, Sota mơ ước làm nên một loại chocolate hoàn hảo tặng Saeko, hy vọng cô sẽ sa vào lưới tình.
Nueno Meisuke, giáo viên vừa chuyển về trường phổ thông Domori, được linh cảm dẫn dắt đến thị trấn này. Biệt danh Nube, anh ấy quan tâm đến học sinh của mình hơn ai hết nhưng sự nhiệt tình ấy thường vô dụng do sự vụng về yếu ớt của anh ta. Anh ấy trở thành chủ nhiệm của lớp 2/3 mới. Tuy nhiên học sinh lại thích Tamamo Kyosuke, một giáo viên mới, đẹp trai nhưng kiêu ngạo. Hơn nữa, Nube lại tỏ ra hứng thú hơn bình thường với Bảy Điều Kỳ Bí của ngôi trường ngay sau khi nhận vị trí mới của mình,