Hasegawa Subaru được dì Takamura Mihoshi, cũng là giáo viên của một trường tiểu học, giới thiệu làm huấn luyện viên bóng rổ của câu lạc bộ. Cứ tưởng huấn luyện các cô bé tiểu học là chuyện đơn giản, nhưng ai ngờ trẻ con bây giờ lớn nhanh quá nên chúng cũng nghĩ đủ trò dở khóc dở cười khiến anh không thể nào lường hết được.
Game nguyên tác lấy bối cảnh tại Học Viện Goryoukan - Trường tư thục dành cho nữ với một khuôn viên rộng lớn. Ngôi trường danh tiếng này lại đang lưu giữ một bí mật. Nó là nơi tổ chức và huấn luyện đơn vị đặc biệt, đó chính là Lực Lượng thứ 5 bảo vệ thế giới khỏi những vật thể siêu nhiên vô hình gọi là Oburi đang nuốt chửng thế giới này.
Main nam trong câu chuyện của chúng ta tên Koutarou, do "nhà hoàn cảnh" nên được sống free trong một căn hộ nhỏ với số tiền 5000 yên 1 tháng (tức khoảng 1 triệu VND). Tuy vậy đây là một căn nhà ma bị ám bởi một bé ma dễ thương. Việc ngày ngày bé quyến rũ anh main khiến hàng xóm của anh là một cô gái phép thuật (tự xưng) bay vào đòi "giải cứu", và ngày tháng đầy "sóng gió" của anh main bắt đầu
Câu chuyện xảy ra sau khi các sự kiện của Grisaia no Meikyuu. Kazami Yuuji đã bị giam giữ khi bị nghi ngờ có tham gia vào một tổ chức khủng bố quốc tế, cầm đầu là tên Heath Oslo, đã quản lý để nhập biên giới của Nhật Bản với một vũ khí mới tàn phá hủy diệt hàng loạt trong tay.
Họ 4 người bạn thân. Họ chia sẻ cho nhau buồn vui, và tưởng chừng như nó sẽ tiếp diễn mãi mãi. Vào một mùa hè nọ, 1 điều kỳ diệu đã xảy ra khi họ biết được bí mật về những hò đá có thể thự hiện điều ước