Câu chuyện xoay quanh một cô gái tên là Yuuka, người gặp một sinh vật ở độ sâu của Trái Đất có tên là Chii-chan (một chữ cái của chiteijin, từ tiếng Nhật cho người ở dưới lòng đất), và một người ngoài hành tinh tên là Ucchan (một pun của uchuujin hoặc người ngoài hành tinh ). Câu chuyện diễn ra theo cuộc sống hằng ngày và ấm cúng của họ.
Cốt truyện của Atom The Beginning diễn ra tại Nhật Bản sau một cuộc đại tai vạ. Trong thời điểm hoang tàn đó, có 2 thiên tài luôn mơ về tương lai, đó chính là Umatarou Tenma và Hiroshi Ochanomizu. Cả hai đã làm việc ngày đêm trong phòng nghiên cứu robot - Tenma tạo ra "thần" và Ochanomizu tạo ra "người bạn".
Một nhóm huyền thoại của game MMORPG Union. Họ là những người bạn chơi với nhau từ thời tiểu học. Họ đã vượt qua rất nhiều thử thách cũng như giới hạn của game nhờ khả năng vô song của mình trong hệ thống Sense – cốt lõi của game. Tuy nhiên, một tai nạn nghiêm trọng đã xảy ra, hậu quả là 1 người chơi đã bỏ mạng, game phải tạm dừng, cả nhóm mỗi người 1 nơi.
Vị vua nửa xứ Uruk, Gilgamesh, được coi là một huyền thoại huyền thoại ... cho đến khi ngôi mộ hùng vĩ của ông được phát hiện ở Trung Đông. Mật mã hoàng gia này đã thu hút các nhà khoa học từ khắp nơi trên thế giới đến vùng đất, và với điều đó đã được công nhận danh tiếng của họ. Trong một nỗ lực chung, họ đã xây dựng Cổng Trời để theo đuổi sự tiến bộ của kiến thức con người.
Trong một thị trấn bình thường, có những người sống một cuộc sống yên bình và viên mãn. Nhưng họ không biết rằng đó là một nền hòa bình giả tạo. Sự thật chưa kể ... Trái đất đã bị hủy diệt