Năm 952, phía bắc Trung đại lục, ma vương Crodin và ma tộc tứ thiên vương dẫn đầu ma vương quân phát động tấn công vào Cateran. Trong lúc chiến tranh đang cháy rụi, Chiết Dũng Daofen, một mình, đã đánh bại Tứ Thiên Vương và giết chết Chúa Quỷ Crodin.
Nhân vật chính là Uzumaki Naruto, một thiếu niên ồn ào, hiếu động, một ninja luôn muốn tìm cách khẳng định mình để được mọi người công nhận, rất muốn trở thành Hokage.
Trill, một hải quân bí ẩn được cho là có nguồn gốc từ thế giới Beyondard, được phát hiện. Và những kẻ thù kiểu quái thú mới, Zoanoroids, muốn anh ta có sức mạnh đặc biệt. Netto Hikari và Rockman phải bảo vệ người bạn mới của họ trong khi họ cố gắng tìm hiểu Trill thực sự là gì và mối liên hệ của anh ta với hai quái thú mạng huyền thoại, Grega và Faltzer.
Gauche là một letter bee được cử đến Yodaka để vận chuyển một món hàng và đó hóa ra lại là một cậu bé với cái tên là Lag, trong cuộc hành trình của mình với Gauche, tuy ngắn ngủi nhưng hình tượng của một Letter Bee dũng cảm giỏi giang, liều mạng sống của mình để bảo vệ những bức thư gói trọn trái tim của người viết chúng đã in sâu trong lòng của Lag. Và 5 năm sau hành trình của cậu bé Lag ngày nào để trở thành 1 letter bee bắt đầu
Câu chuyện bắt đầu khi cậu bé Shindou Hikaru tình cờ đến nhà ông nội và bắt gặp 1 chiếc bàn cờ vây cổ, không ai nhìn thấy vết máu trên bàn cờ ngoài cậu. Sau đó, cậu đã gặp Fujiwara no Sai, 1 kỳ thủ cờ vây đến từ thời đại Heian, vốn là 1 người dạy cờ vây cho nhà vua, nhưng bị 1 người dạy cờ khác ganh ghét hãm hại, nên bị đuổi khỏi thành.