được đặt trong một thế giới song song, diễn ra sau các sự kiện của trò chơi đầu tiên, và phát triển câu chuyện theo sự kiện của ba nhân vật chính - Ryouhei Haizaki, Asuto Inamori, và Yuuma Nosaka.
nguyên tác vốn là bộ manga khoa học viễn tưởng cực nổi tiếng của tác giả Shotaro Ishinomori, được đăng trên tuần san Shonen King từ những năm 1964. Manga đã từng 3 lần được chuyển thể thành TV Anime, 4 tựa phim chiếu rạp (mới nhất là 009 Re:Cyborg năm 2012). Được biết, câu chuyện của Cyborg 009 Call of Justice sẽ kể về Joe Shimamura cùng những cyborgs (nửa người nửa máy) khác đối đầu với Bresudo
Sau khi 12 Vị Thánh Vàng hy sinh mạng sống của mình để phá hủy Bức tường than khóc, Các vị thần Đồng bước vào cõi sâu nhất của Địa ngục, Elysion, nơi họ đối mặt với hai người đầy quyền năng nhất của Hades: Hai vị thần, Hypnos và Thanatos, trước khi họ có thể với Hades cho trận chiến cuối cùng.
Hakuo gakuen, học viên tiếng tăm về thể dục thể thao, đang suy tàn vì phải đối đầu với trường Seishikan hèn nhát nhưng lại thu hút những học sinh xuất sắc. Để đối mặt với cuộc khủng khoảng này, trưởng nhóm học sinh Hakuo cầu cứu phe Fuma ninja. Bên Fuma gửi Kojiro đến Hakuo để gặp mặt phe Yasha hiện đang đối đầu với Seishikan do Asuka Musashi cầm đầu
Lấy bối cảnh của Tokyo ở một thế giới khác, câu chuyện dõi theo bước chân của Tokunana – một đơn vị tập hợp những người đặc biệt thuộc Phòng Cảnh sát Thủ đô. Tokunana chiến đấu chống lại “Nine” – một tổ chức tội phạm chuyên tôn thờ những con rồng đã từng tồn tại ở thế giới này.