Hinata Shouyou - anh main, sau khi xem xong 1 trận bóng chuyền nọ, đã thần tượng và mơ ước trở thành "Người khổng lồ tí hon", và gia nhập đội bóng chuyền của trường trung học. Sau khi tìm đủ thành viên, họ đã tham gia giải đấu liên trường, tại đây họ đã chạm trán với "Vua sân đấu" Kageyama Tobio và bị dập cho tả tơi. Dù thua nhưng Shouyou vẫn quyết tâm lên top và trả đũa Kageyama.
3 tháng sau khi Raimon đoạt chức vô địch Holy Road, Tenma trở về trường, và cậu ta đã phải đối mặt với nguy cơ một thế giới không bóng đá, để lấy lại lịch sử và đem bóng đá trở về, Tenma đã phải dấn thân vào một cuộc du hành xuyên thời gian và không gian cùng những người bạn mới và những trận đấu cực kỳ bá đạo.
Câu chuyện của Giant Killing kể về một clb bóng đá hết thời ETU (East Tokyo United) đang trên bờ vực bế tắc khi thành tích thi đấu ngày càng xuống, fan hâm mộ bỏ đi, HLV trưởng thì thay liên tục... Tatsumi, người từng phản bội đội bóng để đi ra nước ngoài thi đấu, nay được mời về là HLV trưởng cho clb. Vượt qua sự bất đồng của các fan hâm mộ lâu năm, sự lo ngại của hội đồng clb, Tatsumi mong muốn đưa ETU về lại thời kỳ hoàng kim của mình.
Bối cảnh của Anime diễn ra ở Osaka vào năm 20XX – xoay quanh Hand Shakers – thứ có thể triệu hồi “Nimrodes” – thứ vũ khí sinh ra từ sâu thẳm tâm hồn của con người. Các Team sẽ sử dụng Hand Shakers để chiến đấu với các đội khác. Và đội chiến thắng cuối cùng sẽ được gặp và thách đấu với “Chúa”.
Sakura Mami từng là một học sinh lớp 7 bình thường, nhưng Mami đã nhận ra siêu năng lực tiềm ẩn trong con người mình với sự giúp đỡ của cậu bạn tốt bụng Takata. Nhờ Takata, những tiềm năng trong Mami dần được nảy nở. Cô quyết định gánh trách nhiệm nặng nề của một siêu nhân và cứu giúp nhiều người. Tuy đôi lúc, bí mật của Mami tưởng chừng bị khám phá nhưng với sự thông minh của Takata, cô đã giữ được bí mật và tiếp tục sứ mệnh cứu giúp con người.