Câu chuyện diễn ra trong thời phong kiến Nhật Bản.Truyện kể về những cuộc phiêu lưu của Jubei Kibagami, một ninja đánh thuê, người có tài dùng kiếm chém gió , người được cho một nhiệm vụ bảo vệ Thánh Long Thạch và bảo vệ Cô Gái Ánh Sáng(Shigure) từ các đảng Hiruko và Kimon.
Nằm phía bên dưới thủ đô Toyko, có tồn tại một thế giới vô cùng rộng lớn và chưa ai từng biết, được gọi là Thế Giới Ngầm. Ở đó mọi người đều sở hữu một sức mạnh điều khiển nguyên tố, là những người có khả năng kiểm soát được các nguyên tố : Lửa, nước, sét, từ tính, băng v.v.
Vào năm 1100 trước công nguyên tại Trung Quốc cổ đại , vào triều nhà Thương , lúc này Trụ vương lên nắm ngôi , chỉ đam mê tửu sắc , nghe lời Đắc Kỉ , khiến khắp nơi phẫn nộ , tại đỉnh núi Côn Lôn , nơi các đạo sĩ và tiên nhân tu luyện , câu truyện bắt đầu .... Đây là một anime khá hay , tôi mạnh dạn giới thiệu với các bạn , nó hay không phải là ở bối cảnh lịch sử , hay cốt truyện Phong Thần nổi tiếng mà là ở sự hài hước , các bạn có thể tưởng tượng cách đây 3000 năm mà đã có giàn âm thanh lập
Vào năm 2061 sau Công nguyên, Nhật Bản đã mất chủ quyền. Người dân Nhật Bản trải qua những ngày tháng của họ như những công dân bị áp bức sau khi bị phân chia và cai trị bởi bốn phe thương mại lớn.
Tập phim OVA, giải thích thêm về sự kết thúc của Eureka Seven AO. A new episode split into five parts, further explaining the end of Eureka Seven AO.