Trong thế giới tương lai, Nano Race, những người có gen được cấy các nanomachine có khả năng đặc biệt, bị kiểm soát và thành kiến bởi Pure Race, được gọi là người thường. Beck, một thợ săn huyền thoại với sức mạnh Red Ash, với mong muốn được phẩu thuật để trở thành Pure Race. Cùng với người bạn Tyger, họ dùng Parallel Machine bay đến thế giới cũ để làm những công việc nguy hiểm.
Năm 2027, thành phố New Port vẫn đang hồi phục từ hậu quả của chiến tranh. Một sĩ quan quân đội có dính đến việc ăn hối lộ và buôn bán vũ khí bất hợp pháp bị giết. Trong quá trình điều tra, Daisuke Aramaki của Cục An ninh Quốc gia gặp Motoko Kusanagi, một hacker nửa người nửa máy cao cấp thuộc đơn vị bí mật số 501. Batou, người đàn ông với "con mắt không ngủ", nghi ngờ Kusanagi là kẻ đứng sau vụ đánh bom. Thanh tra cảnh sát Togusa đang theo đuổi cùng lúc 2 vụ án một người bị bắn chết và một cô
cùng những đồng minh và kẻ thù bị đưa từ thành phố Gotham hiện đại trở về thời phong kiến Nhật Bản.
Trong Dirge of Cerberus: Final Fantasy VII, người hùng của bạn sẽ không còn là chàng dũng sỹ Cloud Strife với thanh gươm to vật vã đeo đằng sau lưng mà là Vincent Valentine - tay súng cừ khôi nhất trong tất cả các nhân vật thuộc dòng tộc FF, người mang trong mình dòng máu loài quái vật “Cerberus” (chó địa ngục).
Cả 3 phái Ninja dù vô tình hay hữu ý đều có được vé đi spa resort, gác lại mọi tình thù ân oán, mọi người đều vui vẻ với nhau. Nhưng liệu điều đó có đơn giản như vậy…