Câu chuyện lấy bối cảnh ở vùng Sinnoh: Satoshi và Go gặp lại nhiều đồng đội hoài niệm như Hikari, gặp gỡ Pokémon huyền ảo mang danh là vị thần, Arceus cùng với bộ 3 Pokémon huyền thoại Agnome, Yuxie, Emrit.
Đã 100 năm kể từ khi vua Kyle chôn cất Ang Mundo. Báy giờ trong thời kỳ hòa bình, chàng hiệp sĩ tập sự Kasel hưởng thụ cuộc sống bản thân mà chả lo nghĩ gì. Tuy nhiên, số phận của anh ta bắt đầu thay đổi, với tin đồn về sự xuất hiện của quỷ xâm nhập khu phố.
Alice Sakaguchi từng mơ thấy mình là một người khác sống trên mặt trăng. Giấc mơ quá lạ và thật đến nỗi Alice không thể ngừng nghĩ về nó. Cô ấy phát hiện ra rằng một số bạn cùng lớp của cô ấy cũng đang có cùng một giấc mơ.
Năm 2005, một virus máy tính được gọi là Pluto Kiss đã tắt và hạn chế một cách hoàn toàn mạng lưới Inteet toàn cầu. Năm 2007, sau khi hủy bỏ mạng lưới rộng lớn, 1 game MMORPG mang tên The World được phát hành.Tsukasa đột nhiên tỉnh dậy và thấy mình đang ở trong The World.
Ngày còn nhỏ, Daisuke Dojima đã từng bị bắt cóc, sau đó được một cô gái kì lạ giải cứu và nói những lời tiên tri ấy với cậu. Thế nhưng không ai tin lời cậu nói cả. Dù vậy cậu vẫn tin theo lời tiên tri ấy dù cho người khác có nói gì.