Câu chuyện được bắt đầu ở một làng quê yên tĩnh, nơi đây có nhiều động vật và người chết bất thường trong một sự cố lạ đời. Để giải quyết vụ án, một người đàn ông có vẻ ngoài kì quặc tên là “Inugami” đã tới từ Tokyo để điều tra.
Một ngày nọ, Digimon Xros Loader bỗng xuất hiện trước mặt Taiki, là 1 cậu bé có trái tim nhân ái, và nghe được tiếng kêu cứu của Shoutmon. Digimon Xros Loader có thể giúp cho Digimon tràn đầy năng lượng. Và Taiki được chọn làm General. Taiki và bạn mình rơi vào thế giới song song, thế giới số. Tại đó, xuất hiện những tên địch nhằm tiêu diệt Taiki và các bạn. Một cuộc chiến xảy ra, Taiki và Shoutmon với sức mạnh của Digimon Xros Loader chống lại kẻ địch.
Đã có nhiều trường hợp các bài hát bị đánh cắp xảy ra ở quận Yokohama gần đây của các thần tượng. Ngay cả siêu thần tượng Marine Amagi ca khúc hit của "Kiseki no Uta" cũng đã bị lấy đi. Theo yêu cầu của Marine, nhóm Milky Holmes bắt đầu điều tra vụ việc.
Kano Kyosuke đã từng sống dưới bóng của Seisuke, người anh trai thành công của cậu ấy, trong bóng đá. Chán nản cậu trở về Nhật bản và lèm quen với những người bạn mới, rồi dần tìm lại được niềm vui trong bóng đá.
Vào năm 1999, một tàu không gian rơi tại phía nam đảo Ataria đã làm cho nhận loại nận ra mình không đơn độc trong vũ trụ. Mười năm sau con tàu được khôi phục với tên gọi SDF-1 Macross. Tuy nhiên vào ngày cất cánh đầu tiên của con tàu, một chủng tộc ngoài hành tình được gọi là Zentradi chủ nhân của con tàu đã xuất hiện. Chiên tranh vũ trụ lần đầu tiền xảy ra đã làm thay đổi vận mệnh của hai chủng tộc mãi mãi.