Sau khi Vương quốc Vàng bị một pháp sư điên loạn đánh chìm dưới lòng đất, vua của nó xuất hiện, hứa trao toàn bộ kho báu của mình cho bất kỳ ai đánh bại tên pháp sư đó, trước khi tan thành tro bụi. Các bang hội được thúc đẩy bởi lời hứa này, vượt qua ngục tối mê cung để tìm kiếm pháp sư.
N: Là chàng trai có thể nghe được giọng nói của pokemon, đi xuyên suốt vùng Isshu để tìm ra câu trả lời cho mối quan hệ giữa Pokemon và Con người. Anh ta gọi Pokemon là những người bạn. Ghetsis Harmonia: Thủ lĩnh đội tổ chức tà ác Plasma, âm mưu thâu tóm vùng Isshu, đang tìm kiếm N. Achroma: Nhà khoa học của đội Plasma, đang tiến hành cuộc thí nghiệm trên Pokemon để hoàn thành chiếc máy kiểm soát pokemon Đội Hỏa Tiễn: Tổ chức xấu xa với tham vọng xâm chiếm thế giới.Ở vùng Isshu thì họ đã tái
Masaru, học sinh năm hai của một trường trung học. Là một chiến binh đường phố bất khả chiến bại nhưng đang học ý nghĩa " làm việc theo nhóm". Sau khi trốn khỏi DATs, một tổ chức chuyên bắt Digimon gây rối. Agumon đã có một trận đánh với Masaru. Ngay lúc đó Yoshino cùng Lalamon đã đến chụp cỗ Agumon, và Masaru và Agumon đã trốn thoát. Ngay lúc đó có một Digimon tà ác xuất hiện và họ đã đánh bại nó bằng sự tiến hóa. Sau đó Masaru đã gia nhập DATs để ngăn cản Digimon đến Trái Đất. Cùng với sự
Câu chuyện của anime diễn ra tại một thị trấn nông thôn bí ẩn, nơi xảy ra những sự kiện kỳ lạ. Shizuru Chikura, một cô gái trẻ, đang tìm kiếm người bạn mất tích của mình.
Lấy bối cảnh một thế giới với sự hiện diện của phép thuật, nợi mà quyền lực được cân bằng bởi Amoria và Ishifen, hòa bình được thiết lập. Nhưng rồi một ngày con rồng Daganzord xuất hiện, tàn phá tất cả mọi thứ. Bario và Kismitete cố gắng phong ấn con rồng nhưng thất bại… Con trai của họ là Hiiro được Giruu cứu thoát…. Sau này người ta gọi đó là thảm họa Balbagoa.